科学家早就知道，人类基因组中有大约8%的DNA来自病毒，他们甚至可以分析出这些病毒分别是在何时感染了人类的祖先。问题在于，不是所有的病毒感染都会在人类基因组中留下印迹，这就好比说，并不是所有的动物尸体都会变成化石，只有坚硬的骨骼和牙齿才有可能被保留下来。大多数病毒虽然也会把宿主细胞搅得天翻地覆，但如果它们没有把自己安插到宿主生殖细胞的DNA中，就不会遗传下去，也就不会在宿主的基因组中留下记号。于是，目前已知的那8%的病毒DNA全部来自“逆转录病毒”，因为只有这种病毒能够把自己插入到宿主DNA中，并作为宿主基因组的一部分遗传下去。
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通过基因分析来研究生物演化史的论文在近几年的生物学杂志上层出不穷，所用的方法也各有千秋。比如，2009年11月25日出版的《美国人类遗传学杂志》上发表了新加坡基因研究所刘建军博士等人提交的一篇论文，研究人员分析了来自中国10个省市6000多名汉族人的基因，考察了35万个“单核普酸多态性”(SNP)的分布模式，画出了世界上首张汉族人遗传图谱。结果显示，汉族人的基因多态性分布只有“南—北”这一个维度，也就是说，汉族人的迁徙路径主要是南北方向的，住在同一纬度的汉族人其基因型大致相同，但同一经度的汉族人基因型就没有这种关联度了。这一结果与历史学研究大致吻合。 本文来自实验室前沿
比起传统考古，基因考古不但更加准确，而且还具有一定的实用性。比如，绘出这样一张汉族人遗传图谱有助于研究疾病与遗传的关系，因为这样的研究必须首先按照基因型对人群进行正确的分组：来自四川的病人到底是和同纬度的湖北更接近呢，还是和同经度的甘肃分为一组？上述研究证明前者更恰当。 (《三联生活周刊》袁越 内容来自实验室前沿网站
