生物荧光显微镜主要由照明系统、滤光片系统和显微镜三部分构成：
本文来自实验室前沿
(1)照明系统：生物荧光显微镜包括高压和低压两个照明系统，高压汞灯可发射出各种波长(紫外到红外)的光，提供激发光光源，用于荧光显微镜观察。低压光源的卤素灯提供可见光，用于普通显微镜观察。
(2)滤光片系统
1)激发光滤片(excitationfilter)：位于光源和显微镜之间的光路内，其作用是吸收可见光，允许一定波长的紫外光或蓝紫光通过。根据观察的需要，可将某一种激发滤片置于光路使一定波长的光透过，作为激发光激发样品中的荧光物质。
2)阻断滤片(barrierfilter)：又称吸收滤片，此种滤片安装在物镜和目镜之间的光路中，它吸收视野内未被标本内荧光物质吸收的激发光，以获得清楚的荧光影像和保护观察者的眼睛。
3)反光镜：反光镜上镀有一层铝，铝对紫外光和可见光的蓝紫光吸收很少，反射率达90％以上。反光镜可折射激发光，通过改变光路，使激发光射入样品。
4)隔热滤片：能吸收热量，保护其他光学元件。
5)中性滤片：可不同程度地吸收可见光，减弱光强度。
(3)显微镜：荧光显微镜与普通显微镜一样均由光学系统(物镜和目镜)和镜架机械装置组成。但是，荧光显微镜中的物镜最好用消色差物镜，因其自身荧光极微且透光性能(波长范围)适合于荧光。由于图像在显微视野中的荧光亮度与物镜数值孔径的平方成正比，而与其放大倍数成反比，所以，为提高荧光图像的亮度，荧光显微镜使用数值孔径大的物镜。专为荧光显微镜设计制作的聚光器是用石英玻璃或其他透紫外光的玻璃制成，分明视野聚光器和暗视野聚光器两种。在一般荧光显微镜上多用明视野聚光器，它具有聚光力强、使用方便等特点，特别适于低、中倍放大的标本观察。暗视野聚光器在荧光显微镜中的应用也日益广泛。因为暗视野聚光器的入射光斜射会聚在标本上，除散射光外，不直接进人物镜，散射光是由激发光激发标本内荧光物质而发射出的荧光。这样，在黑色的视野背景中，可呈现鲜明的荧光图像，不仅增加了荧光强度和物像清晰度与灵敏度，而且给人以舒适感。并且暗视野聚光器可以观察明视野聚光器难以分辨的细微荧光颗粒，在很大程度上增强了荧光显微镜的分辨率。
荧光显微镜与普通显微镜比较，主要区别有：在照明系统的光源中使用高压汞灯提供全波段激发光；照明方式通常为落射式，即光源通过物镜投射于样品。由于荧光弱时，数值孔径大，才便于观察，故物镜数值孔径大于普通显微镜物镜。荧光显微镜的物镜分辨率高于普通显微镜；特殊的滤光片系统，如激发滤片，阻断滤片等。
