关于显微镜的保养，应经常注意细节，冈细节发生的伤害，初时并不严重，且不易发觉，但经若干年的累积，就非常显著，修复也很困难。根据使用者经验，提出下列的保养方法供参考：
1．显微镜不论在使用或存放时应避免灰尘、潮湿、过冷、过热、与含有酸碱性的蒸气。
2．不得将化学药品放在显微镜附近，更不得在显微镜箱内放有化学药品(干燥剂除外)。
3．显微镜应经常装上目镜，使灰尘不致落到物镜里面。
4．透镜的表面若有灰尘．应先用狼毫笔拭去，然后再行擦拭。
5、透镜的擦拭只能用专用拭镜纸或棉球擦拭。
6．透镜表面若有污秽时，可用拭镜纸或棉球，蘸少许石油精或二甲苯轻轻擦拭不得用酒精，否则透镜胶层将被溶解。
7．油浸式的物镜使用后的擦拭须依上述方法进行，不得让香柏油在透镜面上千涸，更不得用酒精或类似液体浸洗镜头。
8．物镜里面的透镜应经常注意检查，用皮老虎(洗耳器)吹除灰垢。如必需擦拭时，须细心地用小木棍卷些棉球或擦镜纸轻轻擦拭，必要时可蘸少许石油精或二甲苯，最后用皮老虎吹除撩下的污垢.
9．切勿用二甲苯擦拭反光镜，以免水银变混浊状态，影响反光强度。
10．显微镜镜体与载物台，亦可用旧亚麻布或棉布，蘸些石油精擦拭．使用完毕后不允许有残余的香柏油留存在上面。
11．管筒内的灰尘，可用羊毛织品摩擦过的滚棒吸去，或把目镜、物镜取下后，用旧牙刷轻轻刷扫，然后用皮老虎吹除。
12．齿轮与齿条的油脂及滑动槽面—亡的油脂，因日久灰尘污垢或硬化，致使粗动手轮转动发生困难，可用二甲苯将陈脂去除，然后擦上少许无酸动物油脂或无酸凡士林，不可用其他油脂，以免影响仪器。
13．显微镜上的目镜和转换盘上的物镜，不用对应套上软皮罩或相套，以防止灰尘侵入或将整个镜体用玻璃罩或布套罩住。
14．物镜装盒时盒内须清洁，装时透镜前片向上，则灰尘不易落到物镜后片上。
15．光阑应经常注意避免生锈和油脂硬化，必要时可涂少许无酸凡士林或用石油精将陈脂溶解拭净后再加以涂油。
16．如粗动手轮太松，镜筒自由落下时，应两手紧握手轮顺螺旋方向稍微旋紧即可恢复原来性能。如旋紧仍不能恢复，可将手轮全部推出，在垫圈后加一适当厚度如0.12mm或0.3mm的纸圈即可旋紧。
17．显微镜每次用完后，应用清洁细绒布或鹿皮将镜身表面、金属电镀机件表面擦净，防止生锈。
