酵母双杂交系统是在真核生物酵母中研究活细胞内蛋白质相互作用的技术，具有很高灵敏度，对蛋白质之间微弱和瞬间的作用也能够通过报告基因的表达产物敏感地检测到。酵母双杂交系统的建立基于对真核生物调控转录起始过程的认识。细胞起始基因转录需要有反式转录激活因子的参与，例如酵母转录因子GAL4含两个结构域：DNA结合功能域和转录激活结构域，前者可识别DNA上的特异序列，并使转录激活结构域定位于所调节基因的上游，后者同转录复合体的其他成分作用，启动相应基因的转录。 sysqy.com
酵母双杂交系统利用杂交基因可以激活报道基因的表达来探测蛋白质—蛋白质的相互作用。将编码DNA结合功能域的基因与已知诱饵蛋白质基因构建在同一个表达载体上，在酵母中表达两者的融合蛋白，将编码DNA转录激活域的基因和cDNA文库的基因构建在AD—LIBRARY表达载体上，同时将上述两种载体转化改造后的酵母。上述两类载体在构建融合基因时，测试蛋白质基因与结构域基因必须在阅读框内融合。当两种载体所表达的融合蛋白能够相互作用时，功能重建的反式作用因子能够激活酵母基因组中的报告基因，从而通过功能互补和显色反应筛选到阳性菌落。将阳性反应的酵母菌株中的AD—LIBRARY载体提取分离出来，从而对载体中插入的文库基因进行测序和分析工作。在酵母双杂交的基础上，又发展出了酵母单杂交、酵母三杂交和酵母的反向杂交技术，它们可用于研究核酸—蛋白质相互作用、3种不同蛋白质之间的相互作用和两种蛋白质相互作用的结构和位点。
基于酵母双杂交技术平台的特点，它已经被应用在许多研究工作中，包括：①发现新的蛋白质和蛋白质的新功能；②在细胞体内研究抗原和抗体的相互作用；③筛选药物的作用位点以及药物对蛋白质之间相互作用的影响；④建立基因组蛋白连锁图(genomeprotein linkage map)。
