制备表达标记蛋白的细胞提取物，以进行SDS凝胶电泳。抽提物可为宿主细胞系统的可溶性蛋白提取物，或是其总蛋白提取物。在样品缓冲液中抽提物蛋白的浓度不应超过10mg／ml。选择适当的SDS聚丙烯酰胺凝胶浓度配方，使其在标记蛋白的预计分子量范围之内，可较好地分离得到所需研究的蛋白。然后，加上3种浓度(10mg／ml、lmg／m1和0．1mg／m1)的样品各5／11，两边分别是分子质量标记泳道和仅含样品缓冲液的泳道。需准备6套上述5泳道的电泳凝胶，以便对所推荐的全套抗体进行检测。
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凝胶电泳完毕后，采用第八章的方法，将蛋白转移到硝酸纤维素膜上。包被纤维素膜后，将膜切割成小条，以便分离6条泳道的每一组。在每套中分别加入4种试验用抗体和对照抗体，抗体浓度为斗g／ml。洗涤后用电化学发光法使印迹染色。根据产生的印迹中交叉反应斑点相对最少和最弱的原则，选择合适的抗体标记物系统。应设法避免选用与标记蛋白分子质量范围之内的蛋白成分具有交叉反应的系统。总的看来，这种比较试验可为标记系统的选择提供指导。如果试验的4种抗体均有非常强的交叉反应时，建议使用下述替代的标记物。
选择替代的多肽标记物进行检测：如果三种常用的抗体标记物均不适合所采用的系统，可尝试使
用替代多肽标记物。VSV-G和416标记物是较好的备选系统；如果基于抗体的检测本底较高，应考虑测试S多肽和链霉多肽系统。
