寡核苷酸3，—OH和琥珀酰连接臂之间的酯键的切除在全自动合成仪上是自动进行的，但也可以按照下列方法手工完成，全部操作都在通风柜内进行。所需材料为：浓氨水溶液，带螺盖的小瓶(5m1)，1．0ml气密性注射器，旋转蒸发器或快速真空干燥器。
本文来自实验室前沿
具体操作步骤如下：
1)合成后，用氩气干燥合成柱。
2)干燥合成柱后，从仪器上将其取下。用lml浓氨水溶液充满注射器并将注射器接到柱的一端。将柱的另一端装上一luer接头和一针头，将氨水溶液注入柱中，直到第一滴冒出针尖。此时，柱子内的固相载体应该完全浸泡在氨水溶液中。
3)将针插入橡皮塞中使注射器密封，在室温下放置lh。
4)取下注射器针上的橡皮塞，将氨水溶液通过柱子压人螺盖的小瓶中，暂时拧上盖子，重复步骤l～4次。最后拧紧有3次氨水洗涤液的小瓶子。
5)要完成碱基脱保护，将样品在55‘C下过夜。小瓶冷却到室温，取下盖子，全部脱保护的寡核苷酸转移到50ml的圆底烧瓶中，蒸发至干，为进一步纯化备用。
